12000 séquences de génome du COVID-19 !

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Publié le jeudi 30 avril 2020 14:04

Écrit par Fatima Belmehdi

Depuis l'avènement de l'épidémie de COVID-19, les laboratoires du monde entier génèrent des données sur les séquences du génome viral avec une vitesse sans précédent.

Les données de séquences sont essentielles pour concevoir et évaluer des tests de diagnostic mais également pour suivre et retracer l'épidémie en cours afin d'identifier les options d'intervention potentielles.
Certaines organisations se sont intéressées à la collecte des séquences du génome dans des bases de données tandis que d'autres développent des outils de visualisation afin d'assurer un partage fiable et rapide des données auprès des chercheurs. Parmi ces plateformes on cite:

• La Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), qui est une base de données compilant plus de 12000 séquences du génome viral de hCoV-19.
Lien vers GISAID: https://www.gisaid.org/

• La plateforme Nextstrain est un outil collaboratif qui permet de visualiser en temps presque réel l'information de plus de 4000 séquences génomiques du virus Covid-19 pour établir la phylogénie du virus grâce à des modèles statistiques qui traitent les jeux de séquences.

Schématisation de 4115 des 4115 génomes échantillonnés entre décembre 2019 et avril 2020 source :https://nextstrain.org/ncov